因土地管理部门审批宅基地，侵犯了相邻关系人合法权益而引起的诉讼，人民法院应以行政案件立案审理。法院主要审查土地管理部门在作出审批宅基地手续这一具体行政行为过程中，是否有超越职权、滥用职权、违反法定程序的行为。
因而，土地管理部门从实体处理到审批程序各个环节中，只要有违法的情形存在，人民法院就应撤销宅基地使用执照或责令土地管理部门重新作出审批。
对于土地管理部门审批的宅基地属他人承包地、自留地，侵犯第三人土地承包经营权引起的纠纷，人民法院受案后，主要审查申请人是否符合《土地管理法》相关条件。
所审批的宅基地是否在法律规定范围内，是否按规定办理农用地转用审批手续、有无考虑土地承包权三十年不变的规定等具体情况，作出撤销或者维持审批文件的判决。
未经土地管理部门审批或者采取欺骗手段骗取建房手续用地建房，侵犯了集体或相邻关系人利益引发的纠纷。
对于能够确认村民建房未经审批或采取欺骗手段骗取建房手续的非法用地建房，并且侵犯了相邻关系人合法权益，如影响邻人房屋通风、采光、通行等情况的，人民法院既可以作出排除妨碍、限期拆除违法建筑物的民事判决，也可以中止诉讼，建议土地管理部门作出限期拆除违法建筑物、退出土地的处罚决定。
人民法院在审理非法建筑物买卖、确权等涉及宅基地使用权纠纷案件时，应注意只能裁决建筑材料的所有权，不宜明确非法建筑物的所有权归属。