《国务院关于完善大中型水库移民后期扶持政策的意见》(现行有效)第七条规定，工程占地和淹没区实物调查，由项目主管部门或者项目法人会同工程占地和淹没区所在地的地方人民政府实施;实物调查应当全面准确，调查结果经调查者和被调查者签字认可并公示后，由有关地方人民政府签署意见。实物调查工作开始前，工程占地和淹没区所在地的省级人民政府应当发布通告，禁止在工程占地和淹没区新增建设项目和迁入人口，并对实物调查工作作出安排。
第十二条规定，移民安置规划应当对农村移民安置、城(集)镇迁建、工矿企业迁建、专项设施迁建或者复建、防护工程建设、水库水域开发利用、水库移民后期扶持措施、征地补偿和移民安置资金概(估)算等作出安排。对淹没线以上受影响范围内因水库蓄水造成的居民生产、生活困难问题，应当纳入移民安置规划，按照经济合理的原则，妥善处理。
根据上述规定，水库淹没区的补偿是由负责水库的相关部门进行实地调查，将调查情况进行公告并根据调查情况制定移民安置计划，报相关部门批准后，在安置区进行实施，禁止在工程区和淹没区抢盖建设项目和迁入人口。一般情况下，水库附近的征地和移民安置资金包括土地补偿费、安置补助费，农村居民点迁建、城(集)镇迁建、工矿企业迁建以及专项设施迁建或者复建补偿费(含有关地上附着物补偿费)，移民个人财产补偿费(含地上附着物和青苗补偿费)和搬迁费，库底清理费，淹没区文物保护费和国家规定的其他费用。
除此以外，根据国务院的相关规定，移民安置区的县级以上地方人民政府还要编制水库移民后期扶持规划，发送扶持费用作为移民个人的生产生活补助，而具体数额由省、自治区、直辖市人民政府进行规定。
（采晴整理）